Enseñanza de Grado
El INCO es el principal responsable de la carrera de Ingeniería en Computación y Licenciatura en Computación. El instituto también brinda apoyo con horas docente a otras carreras y diplomas, en particular, de la Universidad de la República.
Enseñanza de Posgrado
El INCO desarrolla actividades de enseñanza de posgrado principalmente a través de dos entidades: el Área Informática del PEDECIBA y el Centro de Posgrados y Actualización Profesional en Informática. Docentes del instituto también participan de diversos esfuerzos de posgrado, entre otros: Maestría en Investigación de Operaciones, Maestría en Ciencia de Datos y Aprendizaje Automático y Maestría en Bioinformática.